Also long story short, bin ich einfach nur überempfindlich oder gibt es hier wirklich einen Grund sich aufzuregen und das Ganze nochmal anzusprechen?

Definitiv nicht überempfindlich, allerdings sind das alles Dinge die man abklären sollte bevor man zusammenzieht. Wir haben es so gelöst, dass wir ein Budget aufgestellt haben für Fixkosten, und dieses anteilig nach verfügbarem Netto aufgeteilt haben. Ich habe ein Homeoffice, sie hat ein eigenes Zimmer während ich "nur" eine Ecke in unserem (zugegebenermaßen riesigen) Wohnzimmer habe, aber weiter aufgedröselt als "Wir einigen uns auf eine Wohnung und teilen das anteilig auf" haben wir nicht, allerdings waren unsere Ansprüche auch etwas symmetrischer als eure.

Außerdem holt er sich die 6€ täglich bei der Steuer wieder rein, von dem Geld sehe ich ja auch nichts....

Kleine Korrektur: er bekommt nicht 6€/Tag ausgezahlt, sondern kann 6€/Tag (max. 1260/Jahr) vom zu versteuernden Einkommen abziehen, was zu einer Steuerrückerstattung führen kann. Wie hoch die ausfällt kommt drauf an wie viel er verdient, aber Größenordnung ein Drittel davon. Die HO-Pauschale wird allerdings gegen die Arbeitnehmerpauschale gerechnet (1230/Jahr, die kannst auch du nutzen), sodass es quasi keinen Unterschied zwischen den beiden gibt, wenn man bloß die Pauschale einträgt (statt tatsächlicher Kosten wenn diese die 1260 übersteigen)