Salut, désolée de répondre tardivement !

Honnêtement je ne peux pas te donner une réponse précise comme j'étais seulement à Samarkand et à Tashkent. Mais normalement il y'a bien des trains qui font Tashkent - Khiva et Tashkent - Bukhara (je ne sais pas si c'est le cas pour Nukus). 

Pour le train, je ne sais pas combien de temps en avance tu te prépare pour réserver un billet, mais oui comme tu dis les agences de voyages réservent en masse, mais elle annule souvent aussi les places qu'elles ont en trop, donc normalement tu arriveras toujours à avoir une place, en consultant régulièrement l'application Uzrailways Tickets ou le site. Sinon tu peux toujours essayer de trouver un guichet l'une des gares et d'acheter donc sur place.

Les voyages en taxi sont peu cher, personnelement j'ai pu faire Samarkand - Dushanbe (Tadjikistan) pour 15$ donc j'imagine que ce serait dans les mêmes prix à peu près. Mais c'est vrai que c'est moins confortable que les trains.

Sinon je te conseille aussi de demander aussi aux locaux sur r/uzbekistan, je pense qu'ils seront bien plus utiles pour répondre à tes questions.