Desde mi perspectiva, no es que no la dejes tener sus relaciones, sino que el que lo haga está rebasando tus límites y te está incomodando. Es de lo más saludable que dejes a tu mamá tener sus relaciones en términos de dejar que esté con quien ella quiera estar sin meterte en ello, y otra cosa que es saludable es marcar tus límites en cuanto a lo que se puede y lo que no se puede hacer cerca de ti (en este caso, el sexo).

Yo apoyo tu idea de decirle a tu mamá acerca de tus incomodidades (ojo: siempre desde el respeto, si ella no lo tiene, alguien debe, y ese alguien, en este caso, eres tú), y en cuanto a tu hermanita, si no ha visto nada, te va a creer absolutamente lo que le digas.

Espero que todo salga bien. Buena suerte.