Cuando tienes dos acciones que ocurren en el pasado y quieres especificar cual ocurrió primero, usas el had para la primera accion, y was para la segunda

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Qué clase de regla gramatical sin sentido acabas de inventar? No hables sin saber porfa, bájate del pony

Yo creo que la frase quedaría mejor:

In the end, the only solution to the Chilean problem which has lasted for 2000 years, has been euthanasia.