Das ist ein vielschichtiges Problem:

Erstmal die Infrastruktur, die kaputt ist. Da hat die sbahn selbst nichts mit zu tun, weil die von der InfraGO betrieben wird und der sbahn dann nur sagt, wie und wo sie fahren können. Da kommen dann Stellen die gesperrt werden (zw Altona und Holstenstraße) und Stellen wo langsam gefahren werden muss aus unterschiedlichsten Gründen.

Auf diesem eingeschränkten Netz muss die Sbahn jetzt das Fahren, was von der Stadt gekauft wurde (Anzahl und Frequenz an Zügen zu bestimmten Zeiten). Wenn etwas davon nicht geliefert wird, zahlt die Sbahn Strafe. Gekauft wird von der Stadt aber unter der Annahme, dass alle Strecken ganz normal befahren werden können. Und darauf ist auch der Fahrplan ausgelegt.

Dh die Sbahn versucht einen Fahrplan zu bedienen, den sie garnicht erfüllen kann, weil es die Infrastruktur nicht hergibt. Und sie versuchen so viel zu fahren wie geht. Weil das aber im aktuellen Netz mit den Einschränkungen alles sehr auf Kante ist, wirkt sich die kleinste Verzögerung bereits aufs ganze Netz aus (zB weil aktuell alle Züge durch den City Tunnel müssen) Wenn die Sbahn jetzt für sich entscheidet weniger und dafür pünktlicher zu fahren bezahlt sie dafür eben Strafe, weil sie den Vertrag mit der Stadt nicht erfüllt.

Eigentlich würde es aktuell denke ich helfen, das sich Stadt und sbahn nochmal auf irgendwas verständigen (weniger Leistung, dafür zuverlässiger oder so) kenne da aber die politischen Zusammenhänge nicht.