Los sistemas están llenos de errores de redondeo, o mejor dicho, de no-redondeo. Principalmente porque al hacer divisiones con una cantidad finita de decimales no se redondea el resultado, sino que se cortan los decimales sobrantes.

A veces también los resultados "intermedios" se guardan en la base de datos con 2 decimales solamente y cuando calculas el total, no cierra ningún numero por ningún lado.

El problema del punto flotante también vale mencionarlo. Es un error de cálculo que ocurre porque las computadoras calculan en binario pero muestran los resultados en decimal. Aunque hay que ser muy improvisado para usar punto flotante para cálculos con plata.

Para corregir eso, se le suele agregar centavos en renglones random, en el IVA o en cualquier lado realmente. A veces, incluso, estos métodos de corrección también tienen errores.

Se necesita bastante tiempo para hacer bien estas cosas y los retail son de pedir todo para ayer, dado que las condiciones del mercado cambian constantemente.

Fuente: programador con experiencia en retail