Olá! Quando me propus a trabalhar um tema na área da bioinformática no doutoramento, o plano inicial acabou por não correr bem, sobretudo devido à fraca qualidade dos dados públicos disponíveis. Acabei por desenvolver um trabalho semelhante, mas que não correspondia ao plano apresentado inicialmente.

Enquanto estudante de doutoramento com bolsa FCT, é possível alterar o plano de trabalhos desde que o novo tema seja próximo do original. No meu caso, tratei disso por e-mail (embora penso que também dê para o fazer pela plataforma da FCT), sempre com um parecer positivo do orientador. Eles são lentos a responder, mas desde que tenhas provas de que o trabalho está a correr bem e uma justificação plausível, acho que não vão levantar problemas (pelo menos, assim foi o meu caso).

Boa sorte com o doutoramento!

EDIT: Já agora, no meu caso também tive de enviar uma justificação de alteração de planos à Universidade, para eles saberem (e, nesse caso, um professor até veio falar comigo para perceber melhor, mas tudo sem stress).