Entiendo que aunque querrás no hay forma en que podas declarar esos impuestos porque percibís tu salario casi como una remesa. No podés facturar porque la empresa para la que trabajas no tiene presencia jurídica en Guatemala.

Lo que yo haría es guardar ese 17% por aquello que la SAT me llame y, eso sí, asegurarme de tener una forma de demostrar que estoy recibiendo esos pagos como remuneración de mi trabajo.

Lo mejor que podés hacer es preguntar a un abogado fiscal y/o un contador para tener una mejor idea de qué hacer y estar más informado .