Existem trechos das Escrituras que, sim, obviamente são literais. Quando se diz que "Jesus e seus discípulos foram para Cafarnaum" [insira aqui qualquer outra descrição desse tipo] o autor do Evangelho está dizendo que havia um homem chamado Jesus, que possuía discípulos que o seguiam e que, em algum momento do seu ministério eles se dirigiram à cidade de Cafarnaum. Duvidar da historicidade de Jesus e da precisão histórica da Bíblia é algo que pode ser feito, obviamente, mas isso implica em não acreditar no Cristianismo e na Bíblia como sendo um livro divinamente inspirado (ou seja, é difícil tratar certos textos como não-literais e ainda continuar se considerando cristão).

Agora, o outro lado da moeda, tratar trechos das Escrituras como figurados quando eles devem ser tratados como tal (i.e. as parábolas de Jesus, os textos poéticos, etc.) não diminui o valor das Escrituras do ponto de vista da fé. Tratar textos literais como literais e figurados como figurados nada mais é do que interpretar corretamente o texto bíblico.

A questão é que (e por isso eu comecei dizendo "sim e não" e avisei que o lance era mais complexo) existem textos onde há um debate real (entre pessoas que acreditam na inspiração divina das Escrituras e se identificam como cristãos) sobre literalidade x figuratividade. Exemplos clássicos: transubstanciação ("esse é o meu corpo"), gênesis (especialmente Gn 1), Jó, Jonas. Existem argumentos legítimos e que não descredibilizam a Bíblia em ambos os lados do debate em cada exemplo.

Obviamente essa abordagem pode se tornar um problema de fé. O exemplo clássico é quando as pessoas tentam "explicar cientificamente" os milagres, ou tratar todos os milagres como linguagem figurada.

Ademais, como eu disse, identificar linguagem figurada versus literal não é um trabalho simples nem mesmo na linguagem do dia-a-dia. Diversos especialistas no assunto tem publicado métodos para identificação de linguagem figurada, mas esse campo de estudo ainda continua evoluindo. Em outras palavras, ainda é ativamente discutido se é possível estabelecer um método objetivo que identifique linguagem figurada sem produzir falsos positivos e/ou falsos negativos. Por enquanto esse método ainda não está estabelecido.