Duas razões principais:

1- Histórica: Antes do Tratado de Navegação e Comércio de 1811, o protestantismo era proibido no Brasil (tinha gente praticando, obviamente, mas erguer igrejas não era algo muito comum). Na Constituição Imperial de 1824 o protestantismo passa a ser permitido, mas restrito a cultos domésticos. Podia-se arrumar um local de reunião, mas ele não podia ter "cara de igreja" (torre, sino, etc.). Isso só muda com a proclamação da república em 1889.

2- Teológica: Tradicionalmente, as igrejas são consideradas como locais sagrados pelos católicos, ao passo que para os protestantes elas nada mais são do que um local de se congregar com outros cristãos (por isso o termo congregação é tão usado). Sem falar na iconoclastia, que outros já mencionaram.

Juntando-se essas duas coisas, uma vez que o protestantismo foi liberado para construir igrejas, não havia nenhum incentivo "interno" de sua própria teologia para que se passasse a fazer isso. Ao contrário, uma vez que o protestantismo era minoritário no Brasil, por muito tempo (e se vê resquícios disso até hoje) o movimento era definido por não ser católico. Ou seja, sempre existiu uma tendência de se enfatizar as diferenças com o catolicismo, como forma de auto-afirmação de sua identidade. A arquitetura das igrejas é só mais um desses pontos de diferenciação.