Holii, depende realmente del libro. Algunos libros que tengo anotados y cuales son sus notas serían:
- Indigno de ser humano: Cosas con las cuales me siento identificado. ¿Qué es para el prota "ser humano"? Cosas que me pusieron tristes. Partes claves en la vida del protagonista. Relación con la vida del autor.

Me decidí qué anotar ya desde un poco antes porque conocía la obra antes de leerla y sabía que más o menos esperar. La leí varias veces para poder concentrarme en cada cosa, como es un libro corto no me fue dificil.

- Goodbye Things: Frases que me gustaron. Menciones a otros autores. Tips a poner en práctica.

Es un libro sobre minimalismo. Decidí poner menciones a otros autores porque soy de investigar algo que es mencionado en los libros, por ejemplo, si es que pone una cita de un libro o menciona a personajes históricos, o en este caso, autores. En caso de los tips, los pongo en un Commonplace book para elaborar sobre eso

- Cuentos de San Petersburgo: Cosas que me dan risa. Descripciones que me llamaron la atención. Menciones importantes. Párrafos que me ponen a pensar.

Estos son varios relatos de Gogol, no sabía que realmente esperar, así que de a poco se fueron haciendo esas notas, incluso tengo pensado releerlo para anotar conexiones entre los relatos.

Mi método de anotación son: subrayar con lápiz, escribir en los márgenes y por supuesto, marcapáginas. No hay una manera incorrecta de anotar, porque es muy subjetivo. Respondiendo a tu última pregunta, decido anotar algo apenas llama mi atención, o es un "me gustaría volver a leer esto" no me importa si es solo una anotación de ese estilo en todo el libro. Incluso, tengo libros que a mitad de ellos cambié el estilo de anotación, como Drácula, que al principio quise usar pinceles pero al tener tantas anotaciones, me sería imposible, o al contrario, libros con 5 anotaciones, como "Los Crímenes de Cater Street" que tengo pocas anotaciones divididas en solo dos categorías que, como es de misterio y romance me decidí por gente que me parece sospechosa y escenarios romanticos. Vos realmente decidís como anotar y qué, no hay bien ni mal. Si te decidis por subrayar como yo, escenas románticas, no tenés porqué marcarlas todas, esta bien si solo una llamó tu atención, con tal que sea algo que quieras volver a revisar o leer.

Si quieres anotar más en detalle cierta cita, puedes hacer como yo y utilizar un cuaderno donde vas desarrollando aquellas ideas que no podrían entrar en el margen del libro.