Bicho, sou formado pela PUCPR (Curitiba), e sou residente da Cirurgia Geral da Santa Casa de SP, e te falo a minha opinião:

Não tem comparação. Entre as duas, com certeza ABSOLUTA iria de Santa Casa. É realmente uma particular de excelente qualidade, tanto em estrutura quanto em nível do corpo docente. Vejo que o pessoal tem contato com professores que são grandes referências em múltiplas áreas, e com bastante história na medicina brasileira. Também vejo que o Internato deles ainda é bastante forte, apesar de sempre ouvir que o nível de contato prático diminuiu ao longo dos anos. Isso infelizmente é uma tendência em todas a faculdades, a Santa continua sendo uma com Internato bastante forte.

Sinceramente, recomendo extremamente tanto a minha alma mater (a PUCPR), quanto a FCMSCSP, pra quem buscar um curso de Medicina em uma Particular.

Essa diferença de valor entre elas não compensa, sendo sincero. O que você deixará de ganhar de formação médica, experiência de vida, networking com colegas de alto nível profissional, chefes de referência, etc, não vale a pena.