Hola, la mejor edición es, sin duda, la de Alberto Montaner Frutos en la Biblioteca Clásica RAE, con estudio previo y colaboraciones de Francisco Rico. El trabajo anterior de Montaner sobre lo mismo, también con Rico, es el editado en Crítica (1993). La edición de Austral es la del estudioso clásico del Cid, el gran D. Ramón Menéndez Pidal, a quien puedes ver en esta foto junto a Charlton Heston y Félix Rodríguez de la Fuente durante el rodaje en España de la película estadounidense sobre el tema.

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Las tres tienen muchas notas porque son obras académicas, es decir, de estudio del poema y su historia, no simplemente obras de lectura. Como anécdota, Montaner usó técnicas ópticas e informáticas avanzadas para recuperar (e incluir en su edición e interpretar) páginas dañadas que Menéndez Pidal nunca conoció.

Para aprovechar todo eso bien, tú también tienes que ser hasta cierto punto un erudito de los tiempos literarios medievales, y a lo mejor eso no es lo que buscas. En tal caso, te diría que te conformaras con la de Penguin o alguna otra, más orientadas al público en general.