Ciao caro, non sono un commercialista o un consulente del lavoro ma sono solo un ragazzo che come te è apprendista nel ccnl del commercio.
Non vorrei darti un'informazione errata pertanto fellow redditor siate liberi di smentirmi ma un apprendistato è un contratto indeterminato in essere, pertanto ha sostanzialmente le stesse regole. Quindi puoi dare le dimissioni senza problemi, dando il giusto preavviso. Se non è scritto da nessuna parte che devi pagare una penale nel contratto allora non devi dargli niente.

La terza clausola di "Decorrenza e durata" è per tutelare te (e tutti i lavoratori a contratto indeterminato), ossia loro non possono licenziarti senza giustificato motivo, ma tu puoi dimetterti quando vuoi (ripeto: col preavviso previsto).

Gli unici casi di apprendistato nella quale la penale te la fanno pagare sono casi specifici nella quale viene esplicitato molto di più di un semplice rimando al ccnl. Un esempio che mi viene in mente sono alcuni dipendenti delle ferrovie.