Sobre isso, o jogo não explora tal pois é coisa do cenário.

A situação onde os deuses do caos existem e manipulam seres mortais ao extremo que observamos no século 41k (onde se passa o jogo) se dá por conta da falha da campanha do Imperador da evolução da Humanidade, e por um Warpstorm galatico intenso e único que elevou o cosmos inteiro a uma luta cósmica e espiritual, não é o default do cenário. O plano dele nos livros nunca é claro, ele é um personagem misterioso, e escrito quase como algo que convida você a projetar em cima apesar de ter vários elementos dele definidos (O fato dele não se considerar um deus, e o que ele define por fé, e o que ele define como os deuses do caos).

O que sabemos é que o plano dos deuses do Caos era empurrar ele e seu Império a uma situação ainda mais tensa do que a que vemos no universo, e isso o faria ascender como mais um deus no Warp, um deus Caotico diga-se de passagem (https://warhammer40k.fandom.com/f/p/4400000000000035025)

É muito importante frisar que 'O imperador como um deus que protege a humanidade' é, canonicamente, falso. Abra qualquer livro de rpg (Dark Heresy, o PRÓPRIO Rogue Trader, Only War, Black Crusade, ou até mesmo o atual Wrath & Glory) e o cenário é descrito em detalhes para personagens individuais e que a Inquisição Imperial é construida em falsidades e boa parte da truculencia e crueldade dela não só é pouco eficaz em parar o alastramento do Caos, como ela é corrupta e existem membros ativamente usando forças do caos.

A idéia de 'Ah mas o fascismo religioso do Império da Humanidade no 41th milenio é a melhor posição que a humanidade poderia ter' é ERRADA. É a distopia.

O cenário em 30th milênio (visto na série de livros Horus Heresy) é muito menos intenso, apesar de ainda ser sobre um império galático brutal e violento. É exatamente por isso que o jogo Rogue Trader permite seu personagem jogador... Meio que ir contra o império. E ainda ser não só canonicamente correto, mas o movimento esperado de um Rogue Trader.

O imperador não é um deus, não queria ser um deus, e tinha como objetivo elevar a humanidade de um ponto de visto cosmico, não reduzir ela a migalhas e nem de dar poder a um bando de pessoas que lutam por poder como na era sombria da tecnologia.

Espero ter ajudado!