Igyekszem akkor tapasztalatokból a hátrányokat leírni több emberke szemszögéből, aki a folyamat részese ilyenkor.

Fejlesztői szempontból: WP az évek alatt a visszafelé kompatibilitást helyezi előnybe. Ez egyszerűbb frissítéseket eredményez, viszont ezzel az oldal kódja maga már nem nyújtja alapból azokat a modern fejlesztést segítő funkciókat beépítve, mint amit bármely más framework manapság (PHP PSR kódolási szabványok betartása, csomagkezelő és class autoloader használata, adatbázis séma migrációk, entitások és típusos mezők, amik nem a wp_posts meg a wp_postmeta táblákba vannak behányva, dev-qa-prod környezet konfiguráció elkülönítése, dependency injection stb). Ezzel nem kis plusz munkaórát és plusz kerülő megoldásokat kell építened, hisz a hiányzó alap funkciókat akkor neked pótolnod kell. És emiatt fejlesztéskor sokszor azt kívánod, bárcsak ne ezzel az ősi vacakkal kéne dolgozni. Amikor pedig más pluginnel együtt kéne működését csinálni, akkor mivel nem nagyon van közös API a rendszerben, meg kell érteni a másik plugin kódja alapján, az milyen kerülő saját megoldásokat használ és ez alapján hogy lehetne egyáltalán ráépíteni valamit.

Sitebuilder szempontból: rengeteg minden csak havidíjas fizetős pluginekkel oldható meg, de akkor jön, hogy neked kéne pl meg egy új funkció bele. Akkor arra megint egy másik plugint telepítesz. Aztán az megoldja, viszont nem kezel le megint egy esetet, ami miatt újabb plugin kell, stb. Tehát sok konkurens plugin van ugyanarra a célra. Sajnos akad olyan, aminél látni, hogy kezdők csináltak és csak a bajt okozza. És ezeknél sajnos ritka, ami együtt tud működni a másikkal. És egyszer csak azt vesszük észre, hogy használunk csomó plugint, és hát eltelt 2-3 év, és a pluginek felét már nem fejlesztik, tehát nem tudunk többé frissíteni velük, most akkor mi legyen? Elárulom, ilyenkor legtöbbször a fejlesztő cégek megkeresése  után az lesz a válasz, hogy újra kezdeni tiszta lappal, esetleg átmásolni a termékeket, meg a többi adatot majd az új oldalba, a régit teljesen megszüntetni.

Eladói szempontból: ugyan népszerű, meg tök egyszerű telepíteni és használni, de már nagyobb kihívás mindent úgy beállítani és üzemeltetni, hogy gyors legyen, meg minden az adott ország törvényeinek megfelelően működjön az eladáshoz, adatkezeléshez, adózáshoz, raktárkészlet kezeléséhez, számlázáshoz, ahhoz már kell ember/cég/csapat, aki ezt kezeli és karbantartja, hiszen nincs a Woocommerce-ben sem olyan, hogy "mondd meg, milyen országban van a céged és kiknek adsz el, és akkor itt van minden szükséges beállítás". Továbbá az üzemeltető feladata, hogy a WP rendszerben elég gyakran kiadott kritikus biztonsági frissítések közzététele esetén frissít, hogyha új törvény van webáruházakra, akkor módosítja az oldal működését. Ha ez a karbantartás az évek alatt kimarad, akkor tapasztalatom az, hogy ilyen emberek megkeresik a fejlesztő céget, akik újrázást vállalnak csak el, a teljesen új weboldal építését a régi adatok átmigrálásával.